שם האזור בגרמנית, Schwarzwald, מתועד בכתב לראשונה כבר בשנת 868 לספירה, במסמך של מנזר St. Gallen. לפני כן קראו לו הקלטים Abnoba mons (על שם אלת יער קלטית), והרומאים Marciana Silva — שם שמקורו במילה הגרמנית לגבול (marka), לא בתיאור צבע היער.
חלק ניכר מעושרה של פרייבורג בימי הביניים הגיע ממכרות כסף בסביבתה: הקיסר קונרד השני העניק את זכויות הכרייה בהר לבישופי בזל ב-1028, ומהם קיבלה שושלת הצהרינגן — מייסדי פרייבורג — את הזכות. מכרה Schauinsland, שהפסגה שלו נראית מפרייבורג עד היום, פעל מהמאה ה-13 ועד 1954; במאה ה-14 בעלי מכרה Dieselmuot היו עשירים מספיק כדי לתרום חלונות ויטראז׳ לקתדרלת פרייבורג. גם טוטנאו שבעמק הוויזנטל הייתה עיירת כרייה של ממש — כרייה החלה בה כבר בסביבות 1150, וחותם העיר משנת 1341, מהעתיקים בגרמניה עם סמל כרייה, מציג כורה.
תעשיית הזכוכית של האזור מתועדת עוד מהמאה ה-12 — בתי זכוכית ליד ריקנבאך (1257) וברגלינגן (1303) הן הדוגמאות המוקדמות המתועדות. המיקום העמוק ביער לא היה מקרי: בתי זכוכית זקוקים לכמויות עץ גדולות להסקה ולחול קוורץ מקומי, וכשהיער סביב בית זכוכית אחד אזל — עברו לבית חדש ביער אחר. תור הזהב של המלאכה היה במאות ה-17-18, בעידוד השקעות מנזריות אחרי מלחמת שלושים השנה.
היער עצמו עבר תקופות של כריתה כבדה: עצים הושטו על פני נהרות כמו הקינציג, המורג והריין עד להולנד, ויערות באגני איסוף שלמים התרוקנו עד אמצע המאה ה-18; תעשיית הזכוכית לבדה כילתה את כל יער בלאזיוואלד בין 1579 ל-1716. חוק יערות מ-1833 הפריד לראשונה בין שימוש ביער לרעייה, ומאז התרחבה הנטיעה-מחדש בהדרגה במשך המאה ה-20.
משבר סביבתי מאוחר יותר הפך את היער השחור לסמל אירופי: כתבת השער המפורסמת של "דר שפיגל" מנובמבר 1981, "היער גוסס" (Der Wald stirbt), עסקה בדיוק ביער השחור — יערן מאלפירסבאך צוטט אז: "אם זה ימשיך כך, יצטרכו לשנות את שם היער השחור ליער האפור". תחנת המדידה בשאוינסלנד ליד פרייבורג מדדה ירידה בחומציות הגשם מ-pH 5.2 ב-1965 ל-pH 4.1 ב-1981 — עלייה פי עשרה בחומציות תוך 16 שנה.
ב-1 בינואר 2014 נוסד Nationalpark Schwarzwald — גן הלאום הראשון והיחיד עד היום במדינת באדן-וירטמברג, כ-10,000 הקטר בין באדן-באדן לפרוידנשטאט, בצפון-מערב היער השחור.